Le renoncement à la maximisation des rendements aussi bien en production végétale qu'animale a un prix. L'élevage particulièrement respectueux des animaux nécessite un affouragement bio de vastes espaces, et entraîne les prix vers le haut. La production bio nécessite davantage de main-d’œuvre, p. ex. pour le désherbage ou l’éclaircissage. Les risques de cultures sont plus élevés car les produits utilisés sont principalement préventifs. Les exigences très strictes au niveau de la séparation des flux des marchandises, du nettoyage, de l'obligation de déclaration exhaustive mais aussi les frais de contrôle et de certification renchérissent aussi les produits bio.
